Non puoi reindirizzare tipo "location.href" ? ti dà gli stessi problemi di indicizzazione?
L'unica cosa che mi viene in mente e creare diverse pagine nel dominio originale che rispondono a chiamate ajax e restituiscono tutte le sezioni del tuo dominio originale... è un pò laborioso quindi ti consiglio di aspettare che qualcuno proponga qualcosa di meglio.
