A meno che non siano tutti beni non ammortizzabili tipo terreni (cosa improbabile), non vedo perchè la Srl non dovrebbe effettuare gli ammortamenti.
E riguardo a questi ultimi, non c'è niente di diverso da quello che hai studiato all'università, quindi non lambiccarti il cervello cercando chissà quale spiegazione... l'unica è che mi pare che chi segue la contabilità di quella Srl (non ho capito se è il tuo dominus o quelli della società) dovrebbe cambiare mestiere!!

Un consiglio: se lì dove sei ti sembra di non imparare nulla di buono, cambia studio al più presto. Già tre anni di tirocinio sono massacranti, se poi non servono nemmeno per una seria formazione allora rischia di diventare tempo buttato.