Se il video e il file exe sono nella stessa cartella l'indirizzo relativo è semplicemente "nome_video.flv", l'indirizzo assoluto ma questo vale per i siti è quando specifici http://www.dominio.com/cartella/nome_video.flv
Guarda io non sono sicurissimo che nel tuo filmato c'entrino le scene, ma sono sconsigliate da tutti, al posto tuo per togliermi il dubbio prima di rimettere mano a tutto il progetto farei una piccola prova con due filmati e due scene e vedere se funziona, poi proverei a mettere i due filmati in due fotogrammi al posto delle scene e vedere come va.
PS. la terza via è quella di mettere un unico FLVPlayback e richiamere i filmati con delle funzioni nell'unico player che sarebbe la cosa più logica.