nessuno mi aiuta?

Salve,
vi espongo brevemente la mia storia:
ho lavorato per due anni come lavoratore dipendente a contratto determinato. Nell'anno 2009 ho lavorato in tale situazione per tre mesi, da gennaio a marzo.
Dopo un mese di "disoccupazione", a Maggio ho aperto partita iva ed ho fatturato da allora, nel regime minimi (sono ingegnere e quindi libero professionista), per tutto l'anno, una fattura al mese, solo ad una società sostituta d'imposta, con relativa trattenuta del 20% in fattura.
Adesso in fase di dichiarazione dei redditi, la commercialista sostiene che debba pagare per via di un adeguamento di aliquota riguardo al lavoro dipendente!
Com'è possibile? A parer mio, nelle buste paga di quei tre mesi, ho versato quanto dovuto (lo sostengo perchè la detrazione mi è parsa identica agli altri anni di buste paga), la commercialista invece mi parla di un balzello da 1500 ?!!!!
Chiedo Aiuto!