La certificazione ti serve solo per poter scomputare le ritenute in dichiarazione dei redditi.
Orbene, seguendo la lettera della legge (art. 25 DPR 600/73), avendo ricevuto il pagamento il 09/01/2009 il cliente avrebbe dovuto versarti la ritenuta entro il 16/02/2009.
Però nulla vieta al cliente di versarla in anticipo rispetto alla data del pagamento del compenso e quindi se il versamento è avvenuto entro e non oltre il 16/01/2009 è giusto che nella certificazione relativa al 2008 venga incluso anche quel compenso per certificare che anche in riferimento a quest'ultimo ti è stata versata la ritenuta per cui io escluderei un intento "poco chiaro" come da te detto.
Di conseguenza indicherai in dichiarazione l'importo indicato nella certificazione, punto e basta.
Naturalmente ai fini reddituali per te non cambia nulla nel senso che avendo incassato il compenso il 09/01/2009 questo verrà sottoposto a tassazione nel 2009 in base al principio di cassa.
Saluti.