ti consiglio vivamente di leggere (o rileggere) a fondo la guida al php.
phpnuke è un CMS, per cui una volta installato puoi gestire il sito senza toccare il codice.
se apri un index.php vedrai del codice html misto a del codice php "server side" che viene interpretato prima di essere mandato al client. editare i contenuti, certo può essere fatto, ma NORMALMENTE si usa php e linguaggi dinamici per appoggiarsi a database e NON DOVER editare i contenuti nei file, ma prelevarli dal db
Apache e MYSQL servono a "far girare" php, cioè ad avere l'ambiente completo per sviluppare, ma non sono necessari per editare i file