Propongo 3 motivazioni per la de-indicizzazione, a te scegliere la più plausibile:

Problemi di infrastruttura di rete: i tempi di download di una pagina sono aumentati, hai avuto il sito offline (trovi informazioni a riguardo nei grafici degli Strumenti per i Webmaster di Google). Hai cambiato qualche parametro inavvertitamente (robots.txt, meta tag robot). Ci sono pagine indicizzate del tuo sito dal valore percepito troppo basso (hai perso backlink, hai molte pagine simili, sei stato identificato come "sito spam"): anche Google ha risorse limitate e le concentra dove le ritiene più utili.

Ti ritrovi in queste casistiche? Qualcuno ne propone altre? Resto a disposizione per eventuali chiarimenti.