Per tenere traccia dei sottodomini per ogni utente dovresti creare una entry in Bind con la wildcard

[php]
*.nomesito.it. IN A kk.yy.xx.zz
[/php]

e in VirtualHost in Apache

[php]
ServerName nomesito.it
ServerAlias *.nomesito.it
[/php]

A quel punto ti basta prendere il nome utente con una regexp da PHP, checkare a quale ID utente appartiene e incrementare la sua fetta di provvigioni.