La comunicazione di variazione dati (in questo caso chiusura) ai fini Iva va presentata nel termine di 30 giorni (che scadevano il 31/01/2010), quindi in teoria a rigor di norma potrebbero contestarti la sanzione pari ad 1/4 di 516 euro. In pratica non ho mai sentito che sia stata applicata in caso di comunicazione spontanea da parte del contribuente, e comunque nel caso te lo farebbero presente allo sportello dell'agenzia delle entrate.
Per quanto riguarda la scelta del regime fiscale è un discorso complesso che va fatto considerando la tua situazione complessiva, quindi consiglio di rivolgerti ad un consulente fiscale di fiducia. Comunque tieni presente che il regime agevolato delle nuove iniziative è riservato a coloro che non hanno svolto attività d'impresa o professionale nei tre anni precedenti e non deve trattarsi di prosecuzione della stessa attività già svolta sotto forma di lavoro dipendente o autonomo.
Saluti e in bocca al lupo per l'attività!