Credo siano i pixel che, dal passaggio da un frame al frame successivo, non subiscono alcuna variazione.

Il problema al passaggio in photoshop probabilmente dipende dalla diversa gestione della gif. Onestamente non ne sono pratico, ma è probabile che toccando qualche impostazione tu possa risolvere (o a monte, su Gifcam, o a valle, su PS).

Photoshop elimina il frame precedente e lascia lo sfondo trasparente, quindi risulta quel brutto effetto..