Per capire se un link esterno verso il tuo sito è followed sono diverse le cose da controllare:

se sul link è presente l'attributo rel="nofollow" se sulla pagina dove il link è presente vi è il metatag robots con valore "nofollow", per tutti i bot o per i bot di google se la pagina dove il link è presente risponde con l'equivalente header HTTP x-robots-tag con valore "nofollow", per tutti i bot o per i bot di google se la pagina dove il link è presente non sia bloccata dal robots.txt locale, per tutti i bot o per i bot di google se il link indicato non ti raggiunga tramite dei redirect, in cui un passo intermedio non sia bloccato da un robots.txt locale se il link indicato non ti raggiunga tramite una catena di redirect superiore a cinque balzi

...
quindi hai ragione a chiederti se non esista qualche tool che possa automatizzare tutti i controlli.

Ne trovi una lista proprio qui sul sito giorgiotave.it:
http://seoblog.giorgiotave.it/seo/tools#link-intelligence-tool
alla voce "Strumenti di link intelligence".

Ora, non so se nel dettaglio tutti i tool elencati facciano tutti i controlli necessari, ma è ragionevole pensare ne facciano almeno i più importanti.
Oggi io uso uno strumento interno, ma tra quelli elencati - se ne cerchi uno gratuito - posso raccomandarti SWAT Backlink Checker. L'ho usato in passato, è semplice e carino. E' gratuito come detto, se ti trovi bene puoi supportare il progetto offrendo tramite il pulsante "Donate" una birra a Tony, se la merita.

Spero d'esserti stato utile

non pensarlo, ma dire che la tua home sia peggio indicizzata di una pagina non è che si apre a molte alternative...se non appunto a qualche negative seo , a meno che tu non abbia fatto qualche azione di corto che sia stata valutata errata dagli algoritmi di G. O che G abbia introdotto un nuovo algoritmo, come pare stia facendo , in base al quale tu abbia subito qualche penalizzazione algoritmica . Sinceramene queste sono le cose...

Ciao e benvenuto nel Forum GT.