@ghigo 82 said:

Il dubbio è: se inserisco il sito nelle directory senza modificare assolutamente nulla, quindi stesso dominio, stesso layout e stessi contenuti, rischio di essere penalizzato causa contenuti duplicati? O è una cosa che riguarda solo siti identici ma con domini diversi?

Come già anticipato da filoex, nelle directory non inserisci "interamente" il sito, ma solo un link ed alcune informazioni a riguardo. Questo, dunque, non c'entra niente con la duplicazione dei contenuti.
Per rispondere alla tua seconda domanda: i contenuti duplicati non sono mai ben visti dai motori di ricerca, sia se facenti parte di un medesimo dominio, sia se presenti su siti diversi.