Per effettuare il commercio elettronico basta che presenti la DIAP al tuo Comune e che tu faccia le opportune comunicazioni all'AdE e Registro Imprese.

Potrai anche non emettere documenti fiscali registrando le vendite nel Registro dei Corrispettivi.

A meno che tu abbia aderito al regime dei Minimi (e sarebbe stato in linea di massima un errore) non considerare MAI l'Iva.
Nel caso specifico l'Iva non ti viene addebitata perchè effettuata da un soggetto UE ma, come prima specificato, non cambia nulla.
Ad es. se acquisti a 100 + Iva (20%) pagherai 120, ma avrai 20 di credito nei confronti dello Stato.

Un consiglio: rivolgiti ad un Commercialista che conosca bene le problematiche del commercio elettronico.