Ti ringrazio per la risposta ma, dopo 3 giorni di prove, ci sono riuscito.
Per farla breve Autoviewer-pro genera una galleria di immagini, bisogna prima il file .as per settarlo a proprio piacimento (anche con i percorsi alla cartella delle immagini), poi aprire il fla e pubblicarlo in modo che l'swf acquisisca il settaggio effettuato sul .as.
Siccome dovevo fare 3 gallerie ho fatto per tre volte l'operazione assegnando ogni volta al file .as percorsi diversi alle varie cartelle delle immagini.
A questo punto se aprivo gli swf separatamente tutto funzionava ma se li richiamavo all'interno di un clip contenitore, una volta caricata la prima gallery, tutti i pulsanti caricavano sempre e solo la quella pur avendo link a gallery diverse.
Il problema l'ho risolto ma onestamente non so neanche io perchè ora funzioni.
Ciao e grazie