Non sono un esperto, quindi le mie sono solo considerazioni generali, non affidarti a quanto ho scritto, ma chiedi consiglio a un professionista.
Sì, può essere un problema. Mi pare che a fine maggio/inizio giugno 2012 l'Agenzia delle Entrate ha diffuso una comunicazione dove si spiega che ci deve essere almeno un anno e mezzo di tempo tra un contratto a progetto e l'emissione di una fattura verso la stessa azienda.
Cmq credo che in questi casi conti molto "quanto" lavori per quell'azienda o anche per altre: una fattura ogni tanto non dovrebbe dare problemi.