Considera che il javascript è un linguaggio lato client. Significa che il codice viene scaricato ed eseguito sulla macchina di chi deve vederlo, non sul server.

Stesso discorso valgasi per il flash che viene prima scaricato sul pc e poi eseguito.

Se hai un pc un po' "incasinato" oppure la grafica del sito è pesante di suo, è normale che ci metta un po' a caricare queste pagine.

Non parlerei proprio di "conflitto"