Ciao ediedi,
lanciando l'ottimizzazione della tabella dal phpmyadmin ti dice che non è in grado di farla? Solitamente il messaggio di errore indica comunque un'alternativa.
Per le tabelle innoDB non dovrebbero esserci problemi a farlo, a meno che non usi le partizioni, dove mi sembra ci sia una procedura specifica da seguire e non può essere fatta cosi al volo.