Ciao
io opto per entrambe le soluzioni solo che dal footer linko una pagina interna e da li il sito del webmaster. Le righe che indichi nel robots.txt puoi lasciarle ma quelle da /? in giù? Io farei pulizia anche li, questo solo ai fini di avere un sito "pulito", se l'indicizzazione è ok puoi anche lasciarlo così. Ho qualche dubbio sull'usare il Noindex nel file robots.

Ciao dos351 e benvenuto sul Forum.
Ho spostato qui la tua domanda perché merita uno thread dedicato: in futuro apri tu stesso una nuova discussione ogni volta che ti trovi ad esporre un problema.

Per quanto riguarda il tuo caso, tutto fa pensare che le URL delle tue pagine siano cambiate durante l'aggiornamento: per non perdere visitatori devi assolutamente fare in modo che i nuovi contenuti si posizionino ai vecchi indirizzi oppure redirigere tramite redirect 301 tutte le vecchie URL sulle nuove.

In questo momento hai praticamente cancellato gli indirizzi ai quali Google veniva a cercare i tuoi documenti ed ai quali inviava utenti, per non parlare poi dei backlink che puntavano al tuo sito: ora non contribuiranno più al tuo posizionamento.

Spero di essere stato sufficientemente chiaro, per il momento ti auguro buon lavoro!