Ciao

Utilizzare javascript (o ajax) per simulare i frame, non fa altro che peggiorare le cose dal punto di vista dell'accessibilità e dei motori di ricerca.

Abbandona del tutto il concetto di frame, pensa al sito come a tante pagine differenti, con alcune parti (menu, header, footer) in comune.

Questa parti le includi, senza fare copia e incolla, da file esterni tramite php o server side include.

So che non sono stato molto chiaro, ma cercando su google o nel forum puoi trovare moltissime informazioni in merito.