Fare ipotesi senza avere niente da controllare è un po' difficile.. Ma se la situazione è quella che credo, si può assumere che, tra gli script php, ce n'era uno infetto che, ogni volta che veniva eseguito (ossia ogni volta che lo script php viene richiesto), andava a inserire il frame in tutte le pagine "possibili".. Quindi, anche se te cancellavi il frame, lo script, una volta caricato, te lo faceva ricomparire.
Se, come hai detto te, aggiornando i file il problema si è risolto, ciò può significare che lo script "infetto" è uno dei file aggiornati, che venendo quindi sostituito non presenta più il codice maligno che aggiunge il frame alle varie pagine ogni volta che viene caricato.

Questa, ovviamente, è solo un'ipotesi fatta col (quasi nullo) materiale a disposizione.. Non prenderla per oro colato, ma mi sembra una cosa plausibile

Esiste una cosa chiamata regex (regular expressions) che è davvero molto,molto bella Scriverti per filo e per segno di cosa si tratta sarebbe un po' troppo lungo, ma se cerchi su google troverai guide complete sull'argomento e scoprirai che ti si aprirà un mondo davanti
Ho da poco scoperto (in verità, ho guardato su google dopo aver letto la tua domanda) che esistono anche in javascript
Eccoti un breve esempio appena scritto, con le mie neo apprese conoscenze delle regex in javascript :

<script>
function check (address) {
    var a = /^[a-z0-9_]{1,}\@[a-z0-9\.]{1,}\.[a-z]{2,4}$/;
    var x = a.exec (address);
    if (x==null) {
        document.write ("Email sbagliata!");
    }
    else {
        document.write ("Email accettata ;)");
    }


}
</script>
<!--
(fai attenzione, visto che non ho la possibilità di scrivere indirizzi email, l' alla riga successiva va inteso come @)
-->
<input type = 'button' onClick='check("address11host.com");' value='Prova'>

Questo codice, molto semplice una volta che avrai imparato a usare le regex, stampa un messaggio "positivo" se l'indirizzo email ha la seguente struttura:

(fai attenzione, visto che non ho la possibilità di scrivere indirizzi email, l' alla riga successiva va inteso come @)
xxxxxyyyy.zzz

Dove xxxxx è una stringa di 1 o + caratteri, contenente lettere dalla a alla z (minuscole), numeri e l'underscore (_); yyyy è una stringa (di almeno 1 carattere) formata da lettere minuscole, punti (.) e numeri, e zzz una stringa lunga da 2 a 4 lettere minuscole.
La regex che ho scritto è molto semplice e probabilmente taglierà fuori alcuni casi speciali.. In giro per internet potrai certamente trovare regex più restrittive, oppure, una volta imparate, puoi scrivere la tua "ad hoc"

Ciao a tutti,
sono darkjoker, 19 anni, studente di ingegneria informatica da Torino
In questi ultimi anni, son capitato diverse volte su questo sito (più che altro per tutorial trovati googlando), quindi il posto non mi è proprio nuovo
Avendo riaperto da poco il mio piccolo sito personale (più un blog che altro, per ora), ho deciso di iscrivermi qua sopra, se non altro per conoscere gente nuova con cui condividere il proprio sapere
Che altro dire.. Ci si vede in giro :D!

Ciao,
darkjoker