Buonasera,
se l'auto è intestata a Lei, qualsiasi spesa documentata con ricevuta o fattura è deducibile al 20% ed Iva (relativamente alle fatture) al 40% dando per "scontato" che l'auto è utilizzata in modo promiscuo.
L'importante è che la spesa sia inerente l'attività (oltre al fatto che la macchina sia intestata, come detto poc'anzi, a Lei). Poi, se nella fattura per errore non è indicata la partita Iva ma solo codice fiscale, ad esempio, quello è un semplice mero errore di fatturazione (al massimo sanzionabile per errore nella fattura). Sono pochi i casi in cui l'Amministrazione finanziaria disconosce un costo solo per un errore nella fatturazione, tuttavia si apre un discorso di possibile contenzioso. Quindi si, confermo che il suo Commercialista Le ha indicato correttamente come comportarsi.
Cordiali saluti,
Mattia Giannini
Dottore Commercialista e Revisore Legale dei Conti