Stupendo! Mi par fin strano avere una risposta così chiara e semplice riguardo al seo, dove sembra più magia che informatica

Se vuoi bloccare l'accesso a una cartella devi fare
Disallow: /epubs/

Se vuoi evitare invece l'indicizzazione devi usare il noindex nelle intestazioni http degli epubs.

Ovviamente il disallow esclude il noindex perché il crawler non potrai mai accedere e dunque non potrà mai leggere il contenuto della risorsa.
Il disallow da solo però non garantisce la non indicizzazione perché il file potrebbe essere linkato da qualche parte.

Da un punto di vista di contenuto duplicato per il tuo caso va bene il disallow perché così il crawler non leggerai mai il contenuto della risorsa.

Ciao e benvenuto nel Forum GT.