Ciao,
se il passaggio da hosting multidominio a VPS lo fai all'interno dello stesso provider non dovrebbe essere un problema: solitamente il pannello di controllo offerto è lo stesso. In quel caso puoi sfruttare le funzioni di backup/restore.
Se il provider e il pannello sono diversi, magari ti ci vuole un attimo di più ma non è insormontabile come ostacolo.