Ciao,
puoi farti assumere ed il contratto co.co.pro funziona come quello di lavoro dipendente nel senso che avrai una busta paga da cui percepirai un importo netto.
Il problema però non può essere nell'IVA che non è un ricavo per te e non è un costo per l'azienda ma probabilmente è nel compenso che forse è troppo basso, valuta di farti aumentare il compenso fatturato come alternativa all'assunzione.

Fabrizio