Ti confermo che la richiesta ha alcun fondamento. Se, come dici, il rapporto di lavoro è dipendente, il datore di lavoro non può agire sul salario in mancanza del risultato atteso, essendo stata comunque fornita la prestazione. Questo principio potrebbe non applicarsi ad eventuali quote variabili di retribuzione, a seconda dell'eventuale contrattazione aziendale che le regola (mi sembra di capire che si tratti di una piccola impresa). Teoricamente ci sarebbe una possibilità di recupero del danno sul salario nell'ambito di un procedimento disciplinare, ma questo richiederebbe l'individuazione di un responsabile dell'errore e la dimostrazione di un rapporto causa-effetto tra la negligenza o il dolo del collaboratore ed il danno causato all'azienda. In questo modo il datore potrebbe rivalersi del danno sul suo collaboratore, oltre a comminare una sanzione disciplinare.
Dai pochi elementi che fornisci, semmai, si evince una carenza di controllo da parte del datore, che addirittura non riesce ad individuare la responsabilità nel mancato raggiungimento di un obiettivo aziendale.