Grazie serdep, il dubbio mi era sorto proprio domandandomi la differenza tra fatturare lo stesso importo nelle due ipotesi:

compensi 104 compensi 100 + rivalsa 4
Differenza che, quindi, a livello previdenziale e fiscale non esiste.

Per sugolini:
A livello pratico, considerando la singola fattura, i conti sono esatti.
Nel caso 2 verserai ?1,0688 in più di contributi previdenziali, pari al 26,72% del maggior incasso (?4) ricevuto a titolo di rivalsa, rispetto al caso 1.