Lo so, è passato un bel pò e credo Framar abbia risolto ma... tanto per aggiungere qualche dettaglio forse utile a qualcuno in futuro.
Putty richiede automaticamente se accettare o meno la key del server dunque il problema è altrove: o il server è malconfigurato o, molto più probabile e come Paolino dice, le credenziali sono differenti da quelle ftp.
C0