Per matrice di link si intende, generalmente, lo schema dei collegamenti di un determinato network/dominio.
Uno schema tipico dei link di un sito internet potrebbe essere questo (ogni lettera dell'alfabeto è un dominio differente, il simbolo "->" indica un link e la sua direzione):
A->B, A->C, A->D, A->E;
Z->A, X->A, W->A, Y->A, B->A.
In questo schema il sito A linka determinate fonti e viene citato da altre, solo con B lo scambio di collegamenti è reciproco: questo nel web è del tutto naturale, e Google valuta appieno ogni link in ingresso.

Altro esempio:
A->B, A->C, A->D, A->E;
B->A, C->A, D->A, E->A, F->A;
In questa matrice appare evidente come i link siano stati creati artificialmente, in quando la maggior parte dei collegamenti è reciproca. Google può far perdere di valore questi link, giudicandoli non autentici.
Ovviamente ho preso dei casi di esempio, spero comunque che sia chiaro il concetto.

Tornando al tuo caso specifico, è possibile subire attacchi allo scopo di inserire codice in pagine altrui: spessissimo i siti verso i quali si indirizzano gli utenti sono molto mal visti dai motori di ricerca.
Il fatto è da discutere seriamente con il webmaster e/o con chi gestisce il server che ospita il sito.
Solitamente le porte di ingresso di questi "abusivi" sono il furto delle password, le debolezze dei software di gestione dei siti o gli attacchi diretti verso i server.

Buona indagine!