Ciao br4nc4 e benvenuto nel Forum GT,
a me era successa una cosa simile dopo aver verificato il dominio con www perché il meta di verifica era stato tolto e quindi Google non riusciva ad usare lo stesso metodo per verificare la versione senza www.
Google Webmaster Tool infatti specifica "Di norma entrambe le versioni puntano alla stessa posizione fisica, ma non sempre. In genere, una volta che hai verificato una versione del dominio, possiamo facilmente verificare l'altra utilizzando il metodo di verifica originale. Tuttavia, se hai rimosso il file, il metatag o il record DNS, devi ripetere la procedura di verifica."
Spero ti sia utile
Ciao!

ok, quindi a questo punto il sito principale è il .com.
Lasciando stare qualunque discorso di tipo strategico che ovviamente non è stato fatto dal tuo datore di lavoro con l'altra agenzia, adesso (secondo me) l'ideale sarebbe redirezionare tutte le pagine del .it verso il .com .
Recentemente in questo forum si è discusso proprio di questo, su questo thread a cui ti rimando per ulteriori dettagli (togli gli spazi):

www . giorgiotave. it/forum/mod-rewrite-e-tecniche-di-url-redirect/ 225047-importare-blog-fare-o-non-fare-redirect-automatico-e-come .h t ml

ciao

Ciao e benvenuto nel Forum GT.