Credo che in questo caso il discorso si complichi abbastanza. Puoi istruirti utilizzando questa disepensa sull'image processing in java:
http://svg.dmi.unict.it/iplab/imagej/downloads/relazione.pdf
Ti consiglio inoltre la seguente ottima lettura:
http://www.fightingquaker.com/sanselan/
Spero che tu riesca a risolvere nel migliore dei modi
Ciao