Ti informo che ho anche provato questo metodo e secondo ke lui usa safe mode,
userà una versione vecchia, il tuo link php.net/manual/en/configuration.file.per-user.php è di 5.3 e non esiste safe mode in quella versione,
crea problemi in alcune versioni applicargli questa config che dite, dovrebbe anche levare safe mode
Non solo anche se come dici tu blocchi .htaccess ricordati che lo puoi utilizzare anche da altre dir
Non avrei adottato questa soluzione del doppio host se si trattava di molti vhost, ma in questo caso ne sono pochissimi che ne neccessitano quindi può sfruttarla
oppure cambi versione di php, levi safemode, metti anche le public_html e allora fai come dice il link php.net/manual/en/configuration.file.per-user.php, ma con doppio host ti potevi riservare alcuni privilegi su un host apparte. Infatti le soluzioni dei doppi host se noti in rete vengono adottate da tempo anche da alcune grosse compagnie di hosting