Ciao, premetto che non conosco molto bene joomla, ma Wordpress ha una plugin che genera la sitemap, che ho visto non usi. Magari può dare una mano in fase di indicizzazione. Visto che poi usi Le webmaster tool, dalla sezione Configurazionesito=>Sitemaps puoi indicare l'indirizzo della sitemaps, che normalmente è vuvuvu.tuosito/sitemap.xml
e aggiungi al robts.txt
Sitemap: hxxp://vuvuvu.tuosito/sitemap.xml (ovviamente correggi l'indirizzo )

Giacomo