Purtroppo temo che dovrai rifare il sito, credo sia la soluzione migliore; condivido assolutamente l'uso dei css, con cui puoi ottenere lo stesso effetto attuale senza gli aspetti negativi che citi.
Spiegarti come fare sarebbe davvero troppo lungo, prova a cercare tra gli ottimi tutorial sui fogli di stile che si trovano in giro e, per qualsiasi problema più specifico, puoi postare di nuovo sul forum