Ok ho ricevuto una dritta su di un altro forum comunque nel caso possa servire ad altri ecco la dritta:

SELECT a.* , qta_in , qta_out FROM a JOIN ( SELECT id_a,SUM(qta) qta_in FROM b GROUP BY id_a) x ON x.id_a = a.id JOIN ( SELECT id_a,SUM(qta) qta_out FROM c GROUP BY id_a) y ON y.id_a = a.id;

Ora il mio problema si è spostato proprio sul codice in c# ma nessun problema cercherò la soluzione...