La risposta al tuo questito è semplice e l'hai trovata anche tu. Mi sa che col tuo commecialista vi siete capiti male. Ti consiglio un incontro chiarificatore.
ATTENZIONE : tu scrivi che non decade la partita iva e questo è vero infatti può coesistere la tua posizione individuale con la tua partecipazione a socio della società, ciò che perdi è la possibilità di adottare il regime agevolativo dei minimi. Quindi partecipando a una snc,sas o srl in trasparenza non puoi adottare il regime dei minimi per la tua partita iva individuale ma passerai obbligatoriamente al regime normale dove avrai l'iva, gli studi di settore, l'irap, libri contabili obbligatori,...