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Non mi e' chiaro il perche' hai settato il record A col l'ip del dns di Amazon. Il record A contiene l'ip dello spazio web corrispondente al nome di dominio. Il CNAME e' semplicemente un modo per assegnare degli alias ad un nome di dominio, per cui non vedo come possa essere implicato nel problema riscontrato. Se funziona ad intervalli, e' molto probabile che non sia un problema di configurazione, ma un problema di natura fisica.