non so se il mio suggerimento può esserti utile:
perche inizialmente non scrivi il codice php nel file sostituendo i caratteri speciali di php, tipo:
!#php #a=1; #b=3; #c=#a+#b; echo; #!
poi riapri il file e fai un str_replace() dei caratteri sostituiti:
$str =str_replace("!#","<?" , $str)
$str =str_replace("#","$" , $str)
$str =str_replace("#!","?>" , $str)