Ciao PietroR,
ho avuto anch'io un problema simile. Dal 1 gennaio 2015, senza che io abbia toccato alcunchè, le versioni alternative del mio sito risultavano non verificate. Inoltre la scritta Improve the search presence of "mio sito" compare al fianco di tutte le opzioni riguardanti il medesimo.
Premetto che prima di gennaio non avevo alcun problema, mentre è improvvisamente comparso questo intoppo senza che io abbia modificato alcunchè.
Ci tengo a sottolineare che ho eseguito tutte le operazioni che richiede google webmaster tool:
aggiunto versioni alternative (specificato anche reindirizzamento 301 nel htaccess)
selezionato versione preferita
specificata preferenza geografica
inviata sitemap

Il problema però persiste e non mi spiego il perchè.
Rest quindi, come te, in attesa di qualche delucidazione. Mi incuriosice sapere anche se ci sono altri utenti che hanno avuto inghippi simili ai nostri...
Un saluto.