Ciao Actor e benvenuto sul forum gt,
un po generale come domanda.:D
Ci sarebbe tante maniere di farlo, non tutte consigliabile.
Qualche esempi:
cambiare di fotogramma sulla linea temporale principale, tipo un fotogramma per sezione (gotoAndStop o gotoAndplay)
avere piu clip filmati per sezione e controllare la loro linea temporale e/o le proprieta del clip stesso. (gotoAndPlay, gotoAndStop, _visible, swapDepths...)
caricare swf esterni (sempre uno per sezione) con loadMovie o loadMovieNum (non valido se usi Actionscript 3.0)
Sicuramente si potrebbe inventare altri metodi per lo stesso risultato.
Credo che prima d'iniziare a creare il sito stesso e meglio di fermarsi 5 minuti, pensare alla struttura, contenuto del sito stesso, effetti desiderati e di la decidere la soluzione migliore.