mi dispiace ma non conosco plesk nel dettaglio.
Comunque ti posso dire per esperienza che utilizza una configurazione del server sua propria (per esempio per apache, per aggiungere sottodomi o altro, se ti studi i file di configurazione di apache te ne accorgi subito), quindi quando vai a toccare le applicazioni che usa facilmente ne causi il malfunzionamento.
Ti consiglio di fartelo rimettere a posto dal tuo gestore o quindi installarti una tua versione di apache+php+mysql dai sorgenti che ti posizioni dove meglio credi e che non interferisce con plesk.
ciao
sergio