prova a guardare questo
http://www.jscape.com/sftpapplet/
è un applet java che fa da client ftp.
E' comodissimo perchè si configura con un file XML oppure on the fly nel tag object. Personalmente l'ho adoperato distribuendo 1 solo accesso FTP a più utenti di un sito web e restingendo gli accessi solo alle loro cartelle.
Poi essendo un client FTP non ha problemi di timeout.
Inoltre c'è pure una progress bar
L'unico neo è che devi forzare l'installazione delle JRE, ma tanto mica sarai l'unico del web che le adopera...