Puoi metterlo dove vuoi, di default mi pare non ci sia protezione con user e pass per accedere, quindi sarebbe meglio metterlo in una cartella che sai solo tu o meglio ancora rendere l'area privata mediante htaccess.

le domande continuano a nascere ad ogni tua spiegazione quini per questo non smettere di rispondere mi raccomando ...
Come si fa a rendere privata un'area con .htaccess?

Puoi utilizzare questo tool online per generare il codice dei file .htaccess e .htpasswd da mettere nel tuo sito:
tools.dynamicdrive.com/password/

Gentilissimo,
Presumo che se ho già il mio file .htaccess lo dovrò integrare con il contenuto che scaturirà da questo Tool.
Per ora non riesco a fare nulla perchè sono "bloccato" con il caricamento del giga via ftp che mi si è interrotto dato che ha riscontrato già la presenza del medesimo file nella cartella work/backup.
Per caso mysqldumper esegue dei backup da solo?
Non mi spiago come mai mi son trovato un backup che non avevo certamente eseguito e che ancora non era trasferito.
Grazie di nuovo

P.s. Ho "scoperto" ( trovato ) che mysqldumper ha un opzione per proteggere la directory ( credevo fosse per il Db precedentemente ).
Ora mi tocca trovare il modo di aggiungere un secondo Db per poterlo gestire con questo strumento ( se riesco ad importare e portare a termine questa impresa )

Purtroppo il mio tentativo non ha dato buon esito.
Ho provato anche a proteggere la cartella come consigliato da te ed anche indiato da mysqldumper ma nel mettere il fiel .htaccess nella root mi si blocca anche il sito online ed eppure nelle istruzioni mi pare di aver compreso che :
.htaccess ( va nella root )
.htpasswd ( va nella cartella da proteggere )

Ho provato anche ad invertire ma in quel caso il sito on line si vede mentre la cartella mysql non è più raggiungibile.

Metti entrambi i file nella cartella da proteggere.

Accidenti..
Unica cosa che non ho fatto anche perchè le istruzioni non lo dicono affatto.
Comunque non sono riuscito ad importare nulla con mysqldumper mi si è bloccato due volte perchè dice che trova già il file .sql presente nella cartella work/backup ma quando io inizio l'upload non vi è nulla al suo interno.
Grazie e porta pazienza

Non ho capito il problema, ripulisci la cartella work/backup attendi che sia caricato il file con il database completamente, dopo con mysqldumper lanci l'importazione.

E' quello che stavo faceno ma mentre faccio l'upload del mega file .sql mi ha notificato la presenza di un altro file con lo stesso nome all'interno della cartella work/backup ed ho notato, poi, che forse mysqldumper esegue un backup da solo? e quindi gli da il nome per forza del mio vecchio backup!
Quindi stanotte volevo tentare il cambio nome del mio file di backup e laniare di nuovo l'upload.
Insomma sto andando a tentativi e sbagliando si impara si dice. .

Nel frattempo ho provato a posizionare i due file .htaccess e .htpasswd nella cartella in cui ho mysqldumper ed ancora quando cerco di connettermi mi da errore :

Internal Server Error

The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.
Please contact the server administrator, webmaster@*. and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.
More information about this error may be available in the server error log.
Additionally, a 404 Not Found error was encountered while trying to use an ErrorDocument to handle the request.
Apache/2 Server at **. Port 80

Quell'errore deriva dal file htaccess che contiene degli errori.

l'ho generato con il tool che mi hai consigliato tu ed ho anche provato a farlo con la funzione di mysqldumper che mi presenta codice per entrambi.