Purtroppo non so dove mettere le mani.
Ma non posso mettere una funzione nell'index per dichiarare:
se la pagina è pagina1, carica questi meta;
se la pagina è pagina2, carica questi altri ecc ecc ???

Se tutto viene caricato tramite include, si puoi farlo.
Metti $mainconfig['PAGE_TITLE'] = 'Quello che vuoi'; nella pagina e in teoria funziona, però cosi modifichi la configurazione.
Senza sapere com'è fatto lo script di preciso è impossibile comunque dirti quale sarebbe la cosa migliore da fare, per evitare problemi.

Noto codice di questo tipo:

case "chisiamo":
$includecontent = 'chisiamo';
//echo " <link rel='stylesheet' type='text/css' href='/style/css/chisiamo.css.php' />\n";
echo " <script type='text/javascript' src='${scripturl}lightbox/js/prototype.js'></script>\n";
echo " <script type='text/javascript' src='${scripturl}lightbox/js/scriptaculous.js?load=effects,builder'></script>\n";
echo " <script type='text/javascript' src='${scripturl}lightbox/js/lightbox.js'></script>\n";
echo " <link rel='stylesheet' href='${scripturl}lightbox/css/lightbox.css' type='text/css' media='screen' />\n";
break;

Vado nella cartella content e vedo che esiste la pagina chisiamo.php

Se l'include avviene prima che vengnao mandati in input i meta tag puoi mettere in chisiamo.php $mainconfig['PAGE_TITLE'] = 'Quello che vuoi'; e il title cambia per quella pagina.

Ho provato. Non va. Quindi, secondo l'analisi che ne hai fatto, l'include avviene dopo che vengono mandati in input i meta tag.

Potrebbe essere quello il motivo.
Senza vedere lo script completo si tratta di pure supposizioni, potrebbe esserci anche un motivo differente.

Si, è vero.

Dovresti vedere se è possibile mandare i meta tag in output dopo l'inclusione della pagina, però se si tratta di include mi sembra altamente improbabile riuscire a fare qualcosa.

Mica posso pubblicare qui sul forum tutta la index? Mi sembra troppo...

Se la posti tra i tag php non c'è problema.
E se puoi posta anche chisiamo.php cosi vediamo un pò.

E non si può creare un file head.php e giocare con quello? Non saprei come ma mi sembra di aver letto tempo fa che si poteva fare qualcosa di questo tipo

Qualcosa si può fare, nel senso che però dovresti fare 2 switch e avere i meta tag divisi dalla pagina vera e propria che viene inclusa. In sostanza avresti 2 pagine, una con la pagina vera e propria e una con i meta tag della pagina.
Se puoi postare le 2 pagine tra i tag php, vediamo qual'è la soluzione più pulita.

[PHP]

codice
[/PHP]

Lo script non è il massimo, tutto fatto in maniera molto confusa, inoltre dovrebbe produrre alcuni notice ed essere vulnerabile ad SQL Injection se php è configurato con i magic_quotes OFF (E se il login è fatto senza misure di sicurezza come il resto dello script, chiunque può effettuare l'accesso senza password).
La soluzione più veloce è quella di togliere i meta tag da dove sono adesso e metterli sotto ogni case, insieme ai file css, cioè:
[php]
case "dovesiamo":
$includecontent = 'dovesiamo';
echo '<title>Mio Titolo</title>';
echo '<meta name="DESCRIPTION" content="Mia descrizione" />';
break;
[/php]

chi siamo

codice

Immaginavo che lo script fosse scritto male. Tra l'altro, richiama tante pagine che alla fine il sito non usa.

Ora provo subito la tua soluzione e ti dico

Ho provato ma, se tolgo i meta dove stanno e copio quel codice, non va

Mi sembra strano, se lo metti in chi siamo, accedendo a quella pagina quei 2 meta tag che hai impostato dovrebbe inviarli correttamente.

lo metto nella index sotto il case chisiamo
e succede che non mi legge quelli di chi siamo ma mi mette
come titolo l'indirizzo completo della pagina in cui sono: nomesito.it/index.php?op=chisiamo

aspetta aspetta