Se il problema è l'iowait del disco è consigliato un server con dischi SSD per la parte DB.
Hai anche provato ad aggiornare mysql con una versione più aggiornata? Hanno fatto notevoli migliorie di performance su innodb da mysql 5.5

Allora ho trovato il problema della lentezza e l'ho risolta -> giorgiotave .it/forum/hosting-housing-e-domini/221718-urgente-cambio-server-scelta-del-nuovo.html#post1128451

Adesso è tornato tutto come era inizialmente! Ma vorrei comunque migliorare le impostazioni del db e evitare quegli avvisi in rosso. La versione di Mysql che è istallata è proprio la 5.5.
Qualche suggerimento per abbassare questi valori??

Slow_queries 146
Innodb_buffer_pool_reads 24.9 k
Innodb_row_lock_waits 2
Handler_read_rnd 752.9 M
Handler_read_rnd_next 3.8 G
Qcache_lowmem_prunes 690.3 k
Created_tmp_disk_tables 1.3 M
Select_full_join 108.7 k
Opened_tables 21.2 k
Table_locks_waited 5

Ciao,

se separi il DB, prendi una macchina Linux e prova ad installare MySQL Percona

Io suggerirei di installare MariaDB nella versione 10...

Non ho tempo per cambiare database o provare nuove emozioni xD volevo solo qualche consiglio per migliorare la configurazione senza stravolgere nulla

Conosci MariaDB peppinosh?

Ne conosco la storia ma non l'ho mai usato o testato

Io lo uso e non c'è nessun test da fare... ho disinstallato Mysql e installato questo database e i server hanno ritrovato una seconda giovinezza...

ho disinstallato Mysql e installato questo database

Non ho questo tempo.. probabilmente poi ci saranno problemi di incompatibilità.. non posso rischiare per ora

Il solo rischio che corri è di restare nella situazione attuale...
MariaDb è un fork di Mysql, compatibilità totale e con caratteristiche che Mysql non ha.
https://mariadb.com/kb/en/mariadb/mariadb-vs-mysql-features/

Buon lavoro!