La maggior parte delle piattaforme di e-commerce hanno moduli sia per i pagamenti (anche Banca Sella) sia per integrarsi con i sistemi dei corrieri.
Dalla tua richiesta iniziale mi pare di capire che stai cercando un'agenzia, quindi il problema non ti si pone perché un'agenzia seria saprà personalizzare e confezionarti il sistema in base alle esigenze della tua attività.
Alcuni quesiti che io porrei alle varie agenzie da contattare per i preventivi:
se la piattaforma è open-source, hanno personale interno in grado di fare modifiche al codice, anche alle parti fondamentali, al cuore del sistema ? (ho dovuto gestire tante spiacevoli situazioni ...)
chiederei il nome della piattaforma open-source perché molti non lo dicono o sono reticenti; io non mi affiderei nel modo più assoluto ad una piattaforma il cui sviluppo è fermo, non c'è una roadmap rispettata, non c'è fermento;
(esempio, si scopre un bug grave per ipotesi nell'interprete javascript di tutti i browser; tutti i browser vengono aggiornati e causa di questo fix la tua piattaforma non funziona più)
accertarsi sull'assistenza, tempi di intervento, cosa è compreso e cosa no;
nell'ipotesi di piattaforma open source, se c'è un bug, devi aspettare per un tempo indefinito che la comunità corregga il bug oppure nel frattempo il personale dell'agenzia lo corregge o propone un workaround?
Insomma, accertati di trovare un'agenzia che sia tuo partner e che sia in grado di seguire il tuo modo di lavorare.
Valerio Notarfrancesco