Per vedere i risultati di modifiche effettuate, non devi guardare le visite di un paio di giorno. Spesso, un cambio tema, un'ottimizzazione on page diversa, modifiche seo apportate ad un sito, possono portare benefici (o meno), ma nell'arco di più tempo. Due giorni, mi sembrano un pò pochini, per fare valutazioni.
Riguardo la tua struttura, non è detto che sia quella ad aver provocato la penalizzazione, assolutamente, ma analizzandola, è una struttura un pò particolare, che magari assieme ad altri errori precedentemente fatti, il con / senza www, la sitemap, i contenuti poco ottimizzati ed un pò corti, tutto l'insieme può aver contribuito a farti scendere dalle Serp.
"Although most themes for WordPress get this right, make sure your post title is an <h1>, and nothing else."
Questa frase significa di utilizzare solo ed esclusivamente il tag H1 per i tuoi post, null'altro.
Nei tuoi post, utlizzi il tag H2.
Anche Yoast, sul proprio sito, utilizza la struttura che ti accennavo in precedenza;
Homepage: H1 incorporato nel logo, H2 per tutti i titoli degli articoli
Post: H1 per il titolo degli articoli, eventuali tag H2 per i titoli dei paragrafi all'interno dei post.