Allora secondo me la differenza e' questa :

Facendo uno scambio link in home page oltre ad usufruire del Page Rank della home di questo sito , sei molto piu' cvisibile agli utenti che visitano il sito ed hai piu' possibilita' di ricevere visite , mentre per quanto riguarda l'inserimento di un tuo link in una directory , andrai a finire in una sottocategoria che forse nemmeno il 2% dei visitatori visiteranno, ed in piu' forse non usufruirai di nessun page rank di quel sito .

Detto cio' ti faccio notare che la differenza e' enorme, anche se dovresti cercare di fare scambi link con siti relazionati al tuo !

Buon Lavoro .