L'uso di un paragrafo vuoto invece di un semplice ritorno a capo, può senza dubbio essere ininfluente, tuttavia va a cambiare il senso del testo.

Perchè aldilà di usare un paragrafo inutile, perchè privo di testo, si interrompe anche il perido precedente.

Di certo non lo stravolge nulla, ma a voler esser precisini il significato dei due codici cambia.

Come se in una frase metto una virgola o un punto o addirittura un punto e vado a capo.
E' evidente che non sono la stessa cosa.

<table><form><tr><td>[...]</td></tr></form></table>

Ma il tag <form> andrebbe messo prima di table

Oppure consiglia di sostituire <p> </p> con <br>

Non credo che lo spider possa "fraintendere" un codice scritto così, no?

Ogni tag ha un proprio significato e una propria sintassi.
Il significato viene trasmesso alla singola parte della pagina compresa nel tag a patto però di rispettare le regole della sintassi. Altrimenti il codice potrebbe non esser interpretato bene da alcuni user agent.

Di per sè, dunque, gli errori di validazione non causano vere e proprie penalizzazione, ma possono indurre gli spider a fraintendere il significato di alcuni elementi costitutivi di una pagina.

Un po' come una frase senza punteggiatura può essere letta male da una persona e il suo senso esser frainteso.

Solo chi conosce bene il significato di ogni singola componente del codice di una pagina e riesce a cogliere al volo il valore semantico dei vari elementi, potrebbe prendersi il lusso di scrivere pagine non totalmente validate.
Tralasciando alcuni dettagli non fondamentali nell'uso comune.
(Vedi ad esempio Google che non è validabile).
Ma in linea generale è sicuramente sempre meglio avere un codice valido.