Si per la home è correttissimo fare come dici e puoi tranquillamente usare anche un canonical...l'importante è non avere link che rimandino ad entrambe.

Sulla questione di questo sito ovviamente ci sono tutta una serie di cose troppo lunghe da dover spiegare

Per la 404 invece ni infatti WMT intercetta correttamente quindi anche questo è corretto per come lo dici ma non tutti i siti sono uguali.

Per concludere: "quello che dici è corretto ed è 100% la strada giusta".

Secondo lo strumento, potete verificarlo voi stessi, oltre a non esserci la default page nel dominio principale, manca sia la default page che la pagina 404 nel forum.

Siccome anche su un mio sito con 2 CMS differenti avevo il problema, ho risolto con uno utilizzando il file .htaccess e sul forum in vbulletin utilizzando vbseo e creando una pagina 404 personalizzata da visualizzare quando non si trova l'url digitato.

Aggiungo che non è sufficiente che si rimandi a quella pagina standardizzata che dice: ATTENZIONE: abbiamo cambiato board del Forum, quindi gli indirizzi sono cambiati. ma bisogna renderla una pagina 404, probabilmente c'è solamente un redirect 301, io non sono esperto in codici di errore quindi non so esattamente quale sia il problema.

Dopo questa analisi penso che gli admin dovrebbero sistemare il problema su questo sito, e chi volesse rispondere alla mia domanda originale riguardo all'importanza di aver settato queste cose correttamente su un sito è bene accetta.

1. è bene avere la 404 di default
2. è bene avere la 404 personalizzata

Su Webmastertools, Google, più volte e in molteplici articoli, consiglia sempre di personalizzare la 404 e parla di "404 utili" (e quindi, è chiaro che considera fondamentale questa pagina).

Personalizzare la 404, ti può aiutare a mettere in risalto le categorie "core" del tuo sito allo scopo di non far allontanare l'utente anche se non ha trovato quello che cerca.

Sotto l'aspetto SEO, una pagina 404 ben strutturata potrebbe indicizzarsi allo stesso modo di una Mappa HTML.

*spero di aver capito la domanda

Per quanto riguarda gt la 404 è presente sia su sito normale che su forum.