Ho un sito con dominio tipo nome. dominio . it ( insomma di secondo livello )

Direi, se ho capito bene, che si tratta di un terzo livello.

In questo modo, scusa la domanda, in realtà nel giro di qualche settimana o mese Google dovrebbe sostituire tutte le pagine con il primo url con il secondo e quindi il primo dominio ( quello con il sottodominio ) sparire dalla serp.
Giusto?

Prova a guardare questo topic, il procedimento da seguire dovrebbe funzionare anche nel tuo caso